ヒーローモードは一人用のストーリーモード。対人バトルとは別の形式でのプレイとなる。ステージで入手したポイントを使い自分の装備を強化することが出来る。
武器はヒーローモード専用のものが用意されていてそれを使う。
ステージ1
- ボス1
あらぶる くちびる タコツボックス
(クリアするともみじシューターの設計図を入手)
ステージ2
- 04 ふき上がる カンケツセン ~うってぶっとび!フライハイ~
- 05 スポンジの空中庭園 ~ふくらませ!夢と希望~
- 06 プロペラリフトの波止場 ~風がオレを呼びさます~
- 07 行って帰ってヌリヌリバー ~染まっていく大地、流れゆく涙~
- 08 しゅうらい!タコゾネス ~モズク農園でつかまえて~
- 09 UFOは実在した! ~目撃!ハイカラシティ~
- ボス2
ヤバし ヘソ出し タコツボドラム
(クリアするとスプラチャージャーワカメとスプラスコープワカメの設計図を入手)
ステージ3
- 10 インクレールのまてんろう ~つなわたりだよ人生は~
- 11 秘密のとうめいストリート ~大切なものは、目に見えない~
- 12 岩場のタコドーザー ~あるじ無き暴走マシーン~
- 13 すれちがいステーション ~いつか あなたと ランデブー~
- 14 げきとつ!タコゾネス ~くんず ほぐれつ Bバスパーク~
- 15 やっぱりUFOは実在した! ~せんにゅう!ネギトロ炭鉱~
- ボス3
コロがる ハマる タコツボール
(クリアするとプロモデラーMGとプロモデラーRGの設計図を入手)
ステージ4
- 16 プロペラリフトのようさい ~回し回され 無我夢中~
- 17 タコスナイパーのとりで ~うちぬくゼ?!オマエのハート~
- 18 くるりめぐって ヌリヌリバー ~時計の針は もうもどらない~
- 19 ぐるんぐるんステーション ~運命の大回転~
- 20 かくせい!タコゾネス ~まどい まどろむ ネギトロ炭鉱~
- 21 ほんとにUFOは実在した! ~追跡!デカライン高架下~
- ボス4
行き場なき キバ タコツボファング
(クリアするとスクイックリンβの設計図を入手)
ステージ5
- 22 変形!スイッチボックス ~うつろいゆく季節と共に~
- 23 スポンジだらけの展望台 ~縮むなひるむな! キモッタマ~
- 24 くるくる風車のタコ軍団 ~ぬけろカナアミ! わたれ鉄骨!~
- 25 最果てのタコドーザー ~ココロ無き暴走マシーン~
- 26 ぜんりょく!タコゾネス ~ワカメ こむすめ シオノメ油田~
- 27 けっきょくUFOは実在した! ~死闘! Bバスパーク~
- ボス5
最後の決戦 タコツボキング
(クリアするとダイナモローラーとダイナモローラーテスラ設計図を入手)